雅盖隆大学汉学系创立于2014年10月，是东方研究所中最年轻的科系。

汉学系发起人是当时的东方研究所所长，著名的阿拉伯研究学者Babara Michalak-Pikulska教授。由于她的热情和努力，才有了克拉科夫的汉学研究机构，让雅盖隆大学的东方研究领域得以拓展到中国和台湾。

东方研究所的汉学系是一个研究中国文学、语言、文化的学术研究所，研究对象包含中国大陆和台湾。所内研究人员的研究方向包括汉语语言学、汉语教学、成人汉语教育等，另外还有从现代汉语角度来探讨文化传递、交际沟通和社会关系。

三年的学士学位课程主要培养学生听、说、读、写各方面之汉语能力，以能进行有效的语言交流及跨文化沟通为目标。汉文化的独特来自于汉字的特殊性和深厚的历史底蕴，在各时代的汉语中都能看到传统的影子。文化体现了个人及社会认知机制，因此，透过学习汉语，加深对这个认知机制的了解，就等同于拿到了一把打开汉语世界今昔的钥匙。

汉学系的教学内容是一系列有系统的汉语课程，其中包括汉语基础知识、语言课程、书写系统、古代汉语与各种技巧的演练，如：口语、书面语、阅读、翻译。除此之外，课程中也包含了中国文化与历史。除了本系丰富的教学内容，还有非常重要的通识课程，例如：哲学及语言学。这些课程都有助于学生在以欧洲为中心或以中国为中心等不同的脉络之下探讨人文知识。

而从2017年起，雅盖隆大学汉学系也开设了硕士学位课程。