亞捷隆大學漢學系創立於2014年10月，是東方研究所中最年輕的科系。

漢學系發起人是當時的東方研究所所長，著名的阿拉伯研究學者Babara Michalak-Pikulska教授。由於她的熱情和努力，才有了克拉科夫的漢學研究機構，讓亞捷隆大學的東方研究領域得以拓展到中國和台灣。

東方研究所的漢學系是一個研究中國文學、語言、文化的學術研究所，研究對象包含中國大陸和臺灣。所內研究人員的研究方向包括漢語語言學、漢語教學、成人漢語教育等，另外還有從現代漢語角度來探討文化傳遞、交際溝通和社會關係。

三年的學士學位課程主要培養學生聽、說、讀、寫各方面之漢語能力，以能進行有效的語言交流及跨文化溝通為目標。漢文化的獨特來自於漢字的特殊性和深厚的歷史底蘊，在各時代的漢語中都能看到傳統文化的影子。文化體現了個人及社會認知機制，因此，透過學習漢語，加深對這個認知機制的瞭解，就等於拿到了一把能打開漢語世界今昔的鑰匙。

漢學系的教學內容是一系列有系統的漢語課程，其中包括漢語基礎知識、語言課程、書寫系統、古代漢語與各種技巧的演練，如：口語、書面語、閱讀、翻譯。除此之外，課程中也包含了中國文化與歷史。除了本系豐富的教學內容，還有非常重要的通識課程，例如：哲學及語言學。這些課程都有助於學生在以歐洲為中心或以中國為中心等不同的脈絡之下探討人文知識

而從2017年起，亞捷隆大學漢學系也開設了碩士學位課程。